Además de Arabica, Robusta y Liberica, hay muchas otras variedades de café, y algunas se usan para preparar la bebida; sin embargo, el producto no se puede negociar comúnmente, porque lleva generalmente el valor económico bajo.
Un sinnúmero de variedades silvestres, por ejemplo, se pueden encontrar creciendo casi exclusivamente en sus ambientes naturales. Debido a que estos hábitats están siendo destruidos por la intervención humana, los esfuerzos conscientes para recoger muestras de cada una de estas especies se llevan a cabo en todo el mundo en un intento de preservar la biodiversidad. Como parte de su programa de biodiversidad, World Coffee Research (WCR) está recolectando y preservando muestras de café Arábica salvaje de Etiopía y Sudán del Sur. La base genética de las formas cultivadas de Arabica está severamente restringida, por lo que la catalogación de las variedades silvestres ayudará a asegurar que la variedad genética puede ser explotada en futuros programas de mejoramiento.
Desde la Revolución Verde de los años 60 y 70, cuando los científicos comenzaron a desarrollar cultivos de alto rendimiento y empezaron a usar agroquímicos a nivel mundial, las plantas de café hibridadas se han propagado cada vez más en granjas y plantaciones en todo el mundo. Aunque el café genéticamente modificado científicamente no ha sido comercializado (y probablemente no será), los científicos han estado modificando las variedades «naturalmente» por cruzamiento y otros métodos. Las variedades modernas de café que son resistentes a la sequía, las enfermedades y a las enfermedades, son más resistentes y más rápidas para alcanzar la madurez, están reemplazando muchas variedades originales que antes eran cultivadas comúnmente. Por ejemplo, Ruiru Eleven es resistente a la enfermedad de la baya del café y a la roya de la hoja del café, es de alto rendimiento y puede plantarse al doble de la densidad normal.
Hay muchas maneras en que la revolución verde ha beneficiado a los agricultores (cultivos más grandes, recolección más fácil, ingreso garantizado), pero una de sus mayores desventajas, y que se ha discutido, es que la reducción de la biodiversidad, no sólo deja los cultivos abiertos a la devastación en el caso de una nueva enfermedad, pero estos nuevos cultivos también a menudo requieren intervención humana para sobrevivir. Si un agricultor no puede pagar agroquímicos, por ejemplo, su plantación podría fallar.
Mientras que esto puede ser una pesadilla sobre el futuro de la agricultura del café, lo que realmente viene a cuento aquí es cómo estas variedades se desempeñan durante la transición de la plantación a su taza de café. Muchos aficionados al café condenan en gran medida las variedades híbridas, etiquetándolas como carentes de complejidad en su sabor. Algunas variedades, sin embargo, se han combinado específicamente para diversos perfiles del gusto, del aroma, y del sabor, juntando y complementando las mejores calidades de cada grano original, más que ser desarrolladas solamente para hacerlos más fáciles o más provechosos para que el granjero crezca. Otras variedades de café son híbridos naturales creados por dos especies compatibles cruzadas sin implicación humana.
Independientemente, los cafés híbridos todavía puede crear una gran tazade café de la misma manera que cualquier otra variedad de café, siempre y cuando la baya esté a la altura del objetivo. En resumen, la única manera verdadera de seleccionar un grano es ser un consumidor informado y analítico. Si bien es importante distinguir su Arábica de su Robusta, y su Typica de su Bourbon, no es tan simple como la selección de cualquier grano viejo de Arabica y esperar que genere una preparación de café de alta calidad. Hablando con los baristas y tostadores, y, lo más importante, degustando y probando tantas variedades como sea posible de la gama colosal ofrecida son las únicas maneras de asegurarse de que está seleccionando los mejores granos de café disponibles y los más adecuados a sus preferencias personales.
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