Si bien los sistemas de producción de café agroforestales sombreados pueden proporcionar una serie de beneficios, no debemos perder de vista el hecho de que estas explotaciones se gestionan para el sustento y / o subsistencia de los administradores de tierras locales. El crescendo en algunas tácticas de marketing y revistas comerciales que a veces equiparan los sistemas de café sombreados con el bosque lluvioso o, sin duda, abarca la idea de que más sombra es mejor debe ser colocado en contexto: estas explotaciones son granjas en las que la gente debe producir un cultivo para ganarse la vida. Para evitar la posibilidad de que las estrategias de supervivencia de los agricultores queden al margen, una nota de advertencia debe sonar cuando se pregonan los beneficios ambientales de sombra.

Las tierras cafetaleras, incluso cuando se manejan de manera ideal en términos de imitar un bosque y proporcionar el máximo beneficio de un hábitat, son tierras agrícolas. No son bosques naturales, y no debemos describirlos como tales. Pueden ser manejados de tal manera que mejoren su papel como un refugio para la biodiversidad, pero la perturbación regular que proviene de las diversas prácticas culturales asociadas con el cultivo, así como su menos-que-natural maquillaje en términos de planta la diversidad de especies, impide que logren la calidad del hábitat de los sistemas naturales.

Por esta razón, las áreas forestales naturales necesitan ser protegidas por los numerosos beneficios ecológicos y estéticos que ofrecen. Las explotaciones de café de sombra proporcionan un hábitat suplementario y servicios ecológicos que complementan los de los bosques naturales y, en ciertos casos, eliminan la presión sobre el uso de los recursos naturales dentro de las áreas naturales. Los aspectos de extracción de estos sistemas sombreados derivan precisamente de este dualismo. Se ha realizado una escasa investigación para determinar cómo cada función puede ser aprovechada mejor. Dentro de los sistemas de café de sombra, existe un punto de equilibrio teóricamente óptimo en la cubierta de sombra que permite las cualidades de hábitat máximas, al tiempo que no reduce rendimientos.

Algunos estudios revelan la relación entre los rendimientos del café y los niveles de sombra. En Chiapas, México, Soto-Pinto y sus colegas midieron el rendimiento en términos de peso seco de los frutos de café por planta. Ellos encontraron que con mayores niveles de sombra, los rendimientos tienden a disminuir, con la disminución comenzando alrededor del 50 por ciento de sombra. Otro estudio realizado en el estado de Veracruz, encontró que las fincas con sombra más diversa (n = 2) promediaron 5,322 kg de cerezas frescas por hectárea, en comparación con 3,958 kg/ha en las granjas donde predominaba una sola especie de sombra ( n = 8). Otro estudio de esa región no encontró diferencias de rendimiento entre los sistemas de café de sombra rústico y de una sola especie, aunque los dos mostraron una cobertura de follaje significativamente distinta, densidad de árbol de sombra, diversidad de árboles de sombra y número de estratos dentro del componente de sombra. En conjunto, estos estudios sugieren que existe una cobertura de sombra óptima que simultáneamente permite una adecuada producción y protección de la biodiversidad.

Investigaciones recientes han añadido a nuestro conocimiento del papel de la sombra en proveer hábitat viable, mejorar la biodiversidad, albergar agentes de control biológico como pájaros y murciélagos y crear condiciones para la polinización del café mismo. Este creciente conjunto de investigaciones señala la gestión de sistemas agroforestales como una herramienta intrigante y potencialmente importante para la conservación.

Estructuralmente, las plantaciones de café imitan bastante bien los sistemas naturales. A partir del trabajo realizado en Chiapas, en el sector cafetalero de México, se compararon las plantaciones de café (shimbillo rústico y plantado, Inga spp.) Con diversos tipos de hábitats. En general, ambos son más similares a los hábitats naturales de los bosques que a los hábitats secundarios (que se recuperan naturalmente). Por otra parte, considerando la frecuencia de los follajes por estrato de vida vegetal, la estructura vegetacional de estos cafetales de sombra fue más similar a las categorías de bosques como bosque montano inferior, bosques de pino-roble de baja elevación y hábitats de bosque.

Para los pájaros, la cobertura de la copa de los árboles de sombra puede servir como hábitat estacional o durante todo el año, dependiendo de las condiciones climáticas locales. Cuando una estación marcadamente seca figura en la ecuación, la cubierta de la cortina puede ser crucial. Los investigadores han encontrado que en Ecuador el porcentaje de cobertura en el dosel superior parece afectar no sólo la ocupación en general, sino también la tendencia de las aves a emigrar (salir del sistema) durante la estación seca. Esta «respuesta umbral», como la llamaban, ocurrió en el rango de cobertura de sombra del 21-40 por ciento.

Al aproximarse al 40 por ciento de cobertura de sombra, no sólo la probabilidad de que las especies de aves forestales (por lo menos los dieciocho que evaluaron) hará uso del sistema de aumento a 1,0, sino que, a medida que la estación seca progresa la probabilidad de que estas especies salgan baja a cero. En otras palabras, alrededor de un 40 por ciento de cobertura de sombra, las aves utilizarán definitivamente un sistema agroforestal; el mismo tipo de cubierta les permite permanecer en su lugar durante los meses difíciles caracterizado por sequía marcada. El mensaje para llevar a casa de este estudio confirma que no todas las sombras son iguales y que por lo menos 40 por ciento de cobertura es necesaria para una serie de especies de aves.

También se ha examinado el papel de las epífitas en la configuración del café de sombra. Las epífitas son plantas que viven en otras plantas, como ciertas especies de orquídeas y la mayoría de las bromelias. Dependiendo de la región, la presencia de bromelias epífitas dentro del estrato del árbol de sombra lleva a algunos productores de café a retirarlos de las ramas de los árboles de manera regular. En el estado de Veracruz, donde los agricultores perciben que las bromelias son perjudiciales para los árboles de sombra, la remoción de epífitas es una práctica común. Dado que varias especies de aves hacen uso de epífitas de varias maneras: material de anidación, sustratos de forraje, sitios próximos, se podría esperar que las comunidades de aves cambien con las prácticas y actitudes culturales relacionadas con las epífitas existentes en una granja. También se puede esperar que la remoción de epífitas cambie el microclima del entorno.

Los investigadores arreglaron con un productor en Veracruz para eliminar epífitas de algunas parcelas como de costumbre, pero dejarlas intactas en otras, con el fin de comparar las comunidades de aves. Como era de esperar, las parcelas sin epífitas tendían a albergar una comunidad de aves menos diversa, y las parcelas con epífitas mostraron una diferencia significativa en la abundancia promedio de aves durante todo el año. No es sorprendente que las especies de aves residentes conocidas por utilizar epífitas como sustratos de anidación fueran significativamente más abundantes en parcelas donde las plantas epífitas quedaron en los árboles. Mediante la captura, marcado y recaptura de aves en el campo de café, este primer diseño experimental demostró que la selección de hábitats de ciertas especies de aves puede vincularse a una única variable: la presencia o ausencia de vegetación epifítica. El ave conocido como tangara común, un ave que anida y forrajea en epífitas en la región de Veracruz, se trasladó de parcelas sin epífitas a aquellas donde se encontraban epífitas. Otra especie de pájaro que no hace uso obvio del componente epifítico, la curruca dorada, no mostró ninguna diferencia en la probabilidad de movimiento entre los dos tratamientos. Por lo tanto, mientras que los árboles de sombra pueden actuar para proporcionar hábitat para las aves en general, los matices asociados con ciertas prácticas de manejo por los cultivadores pueden conducir a una mayor comprensión del valor de conservación de los sistemas de café de sombra en general y la mejor manera de manejarlos.